Las características clínicas de las infecciones micóticas del SNC ameritan una evaluación para una posible biopsia e intervención neuroquirúrgica. El diagnóstico definitivo casi invariablemente requiere una biopsia, con la inspección rápida de la muestra por medio de la preparación en montaje húmedo con tinción con blanco de calcoflúor, cultivo, y análisis histológico (con la tinción de metenamina de plata de Gomori y ácido peryódico de Schiff). La hibridación in situ y análisis inmunohistoquímico puede ser útil si los cultivos de las muestras de biopsia son negativos.
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